если вы удаляете объявления, то в запросе идет id_advert in (12,123,442), тут повторение не может быть (предыдущее сообщение было не совсем про это, а просто для примера).
Когда идет удаление объявлений, вам нужно собирать данные о их категориях в массив, перед их удалением. Потом, когда собрали, делаете цикл (ну или другие схемы) и в цикле ставите update счетчика . Соответственно , если категории встречаются одинаковые , то операция просто повторяется (т.е удаляется из счетчика 2 объявы).